سال ۱۳۷۳ شمسی (۱۹۹۴ میلادی) جمعی از دانشوران حوزه علمیه قم گرد هم آمدند تا در سه رشته ادیان ابراهیمی (مسیحیت و یهودیت)، ادیان شرق (بودیسم، هندوئیسم، خاور دور و ایران باستان) و مذاهب اسلامی (مذاهب کلامی، فرق، و عرفان و تصوف) تخصص یابند. این گروه در دوره‌ای چهارساله افزون بر مطالعه در آن سه رشته، با زبان انگلیسی، سنسکریت و عبری نیز آشنا شدند.
مطالعات ادیان و مذاهب ادامه داشت تا سال ۱۳۸۳ شمسی (۲۰۰۴ میلادی) که به دنبال تلاش‌ها و پیگیری‌ها برای تربیت نیرو در حوزه ادیان و مذاهب، سرفصل‌های سه رشته تدوین شد و آن را به وزارت وقت علوم، تحقیقات و فناوری، پیشنهاد کردند. شورای عالی گسترش وزررت علوم، سرفصل‌ها را تصویب کرد و آن‌گاه در سال ۱۳۸۴ شمسی (۲۰۰۵ میلادی) با عنوان «مرکز آموزش عالی مطالعات و تحقیقات ادیان و مذاهب»، نخستین گروه دانشجویی مشغول به تحصیل شدند.
